Шановні колеги! Науковий семінар Інституту біохімії ім. О.В.Палладіна НАН України «Актуальні проблеми сучасної біохімії» продовжує свою роботу. 24 квітня (вівторок) 2012 р. о 10-30
в Актовій залі Інституту будемо слухати доповідь професора теоретичної хімії Страсбургського університету (Франція) Олександра Варнека «Chemoinformatics in Drug Discovery». Тези доповіді додаються. Очевидно, що тема доповіді є міждисциплінарною. Тому є підстави стверджувати, що зазначена лекція може зацікавити не лише біологів (біохіміків, біофізиків, молекулярних біологів, біотехнологів) та медиків (фармакологів, спеціалістів у галузі медичної біохімії), але й, безперечно, хіміків (фахівців у галузі органічної, біоорганічної, супрамолекулярної, квантової, фізичної та біофізичної хімії), а також фізиків (зокрема, спеціалістів у галузі молекулярної фізики) та математиків. Я також розраховую на присутність зацікавлених аспірантів та студентів. Отже, будемо раді зустрітися з Вами та Вашими колегами на засіданні нашого семінару. З повагою – С.О.Костерін.
Chemoinformatics in Drug Discovery
Alexandre Varnek
University of Strasbourg
According to the literature, some 1022 drug-like molecules could potentially be synthesized. Clearly that there is no way to assess their potencies experimentally; only reliable theoretical approaches could help medicinal chemist to select the most potent ones. This explains fast evolution of chemoinformatics - a field widely used in computer-aided development of new compounds and materials.
This presentation concerns some aspects of application of chemionformatics to drug design area focusing on methods of virtual screening and design of specific chemical libraries.
The first part of the presentation will be devoted to theoretical background of chemoinformatics. Chemoinformatics considers molecules as objects of the chemical space defined by either molecular graphs or molecular descriptors. This opens a rational way to introduce chemical similarity and diversity concepts applied in chemical libraries design. Visualization of chemical space helps chemist to take a decision concerning synthesis or purchase of new compounds with the purpose to enrich their proprietary collection. Some examples of chemical data visualization (self-organized maps, generative topographic mapping) will be given.
The approaches of virtual screening - similarity search, pharmacophores, QSAR and docking - are discussed in the context of computer-aided design of new antithrombotic agents based on integrin aIIbb3 and thromboxane inhibitors. The advantages and drawbacks of each particular method will be pointed out.
Another important point of any drug design project concerns evaluation of ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion and Toxicity) pharmacokinetic properties. Chemoinformatics tools play an important role in theoretical assessment of these parameters.
Finally, we'll discuss activity profiling and chemogenomics concepts which open a perspective to predict undesirable side effects and drug-drug interactions.