Шановні колеги, вітаю Вас! Науковий семінар «Актуальні проблеми сучасної біохімії» Інституту біохімії ім. О.В.Палладіна НАН України продовжує свою роботу. 2-го жовтня (ВІВТОРОК) в Актовій залі Інституту о 10 год. 30 хв. плануємо заслухати наукову доповідь провідного інженера відділу структури та функцій білка Інституту Володимира Чернишенка; тема доповіді: «Фібриногеназа із отрути Echis multisquamatis як інструмент вивчення ролі В?N-домену фібриногену в протеїн-протеїнових взаємодіях». Як завжди до цього листа додаються авторські тези доповіді. Запрошуємо Вас та Ваших колег до участі у роботі нашого семінару. З повагою – С.О.Костерін.
Фібриногеназа із отрути Echis multisquamatis, як інструмент вивчення ролі В?N-домену фібриногену в протеїн-протеїнових взаємодіях
Володимир Чернишенко
Провідний інженер відділу структури та функцій білка Інституту біохімії імені О.В. Палладіна
Не дивлячись на широке вивчення фібриногену та його молекулярних перетворень, лишається багато питань, які потребують з’ясування або уточнення. Зокрема, досі нема однозначних даних про просторову структуру, яку утворює В?N-домен фібрин(оген)у, дискусійним є питання щодо функціонального навантаження центру полімеризації В, потребують подальших досліджень нові дані щодо існування сайту полімеризації С. Невивченим лишається роль В?N-домену в агрегації тромбоцитів та у взаємодіях фібрин(оген)у з протромбіном та його похідними.
Метою роботи було дослідження участі В?N-домен фібрин(оген)у (В? 1(15)-60) в протеїн-протеїнових взаємодіях з тромбоцитарними рецепторами, протромбіном та іншими молекулами фібрину при полімеризації, основним інструментом вивчення стала фібриногеназа із отрути Echis multisquamatis. Фібриногеназу використовували для молекулярного зондування молекули фібрин(оген)у, а також для отримання високомолекулярних продуктів раннього розщеплення фібриногену, позбавлених В?N-домену.
У ході роботи розроблено метод отримання фібриногенази, проведено її повну біохімічну характеристику, методом N-кінцевого аналізу ідентифіковано пептидний зв’язок Вb-ланцюга фібриногену та мономерного фібрину, який атакує фібриногеназа (ВbR42-A43). Уперше запропоновано використання фібриногенази у технології обмеженого протеолізу для зондування доступності пептидного зв’язку в молекулі субстрату. На основі обчислених кінетичних параметрів гідролізу ВbR42-A43 фібрин(оген)у фібриногеназою та комп’ютерного моделювання, створено модель В?N-домену фібрин(оген)у, яка передбачає його компактну організацію та узгоджується з функціональними характеристиками В?N-домену молекули.
Вперше показано утворення активаційного комплексу між мономерним фібрином та протромбіном, опосередковане послідовністю В?26-42 В?N-домену.
Виявлено факт дезагрегації тромбоцитів у системі з фібриногеном, позбавленим ?N-домену, що вказує на важливість послідовності В?1-42 для забезпечення фібриногеном агрегації тромбоцитів та формування фібриново-тромбоцитарного тромбу.
Дослідження комплексоутворення DD- та D-фрагментів фібрин(оген)у з різними формами фібрину вперше показало утворення потрійного комплексу «DD-D-desАВ», що свідчить про принципову можливість зв’язування центру полімеризації «В» з центром «b» іншої протофібрили.
Дослідження дії фібриногенази з отрути Echis multisquamatis на різні ланки системи гемостазу показали, що за своїми антиполімеризаційними, антиагрегантними та профібринолітичними властивостями, вона є потенційним антитромботичним агентом.